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与单钥加密方法比较，RSA的缺点就是运算较慢。用RSA方法加密、解密、签名和认证都是一系列求模幂运算组成的。在实际应用中，经常选择一个较小的公钥或者一个组织使用同一个公钥，而组织中不同的人使用不同的n。这些措施使得加密快于解密而认证快于签名。一些快速的算法比如基于快速傅立叶变换的方法可以有效减少计算步骤，但是在实际中这些算法由于太复杂而不能广泛的使用，而且对于一些典型的密钥长度它们可能会更慢。